一、已开通段：广州新塘至深圳机场段
线路范围：广州新塘站 → 深圳机场站（已运营）
主要站点（自东向西）：
广州段：新塘站
东莞段：中堂站、望牛墩站、东莞西站（换乘莞惠城际）、洪梅站、东莞港站、厚街站、虎门北站、虎门东站、长安西站、长安站
深圳段：沙井西站、福海西站、深圳机场北站、深圳机场站
换乘枢纽：
东莞西站（换乘莞惠城际）
深圳机场站（换乘深圳地铁11号线）
线路特点：最高时速200公里，采用公交化运营模式（刷身份证/交通卡/扫码进站）。
二、在建深圳延伸段
1. 机前段（深圳机场站 → 前海站）
情形：建设中（预计2026年开通）
站点设置（均为地下站）：
西乡站：位于宝安区西乡街道
宝安站：换乘深圳地铁5号线（翻身站），预留9号线换乘
前海站：粤港澳大湾区核心枢纽，预留延伸条件
长度：15.2公里，设计时速160公里/小时，CRH6型动车组。
2. 前皇段（前海站 → 皇岗口岸站）
情形：建设中（预计2026年后开通）
站点设置：
超级总部站：服务深圳湾超级总部基地
皇岗口岸站：连接香港口岸，实现深港快速通关
存车场：中心公园存车场（维修与调度）
长度：21.158公里，设计时速160公里/小时。
三、与其他城际线路贯通运营
穗莞深城际已与下面内容线路贯通，形成“四线串联五城”网络（广州、佛山、肇庆、东莞、惠州）：
广佛南环：佛山西站 → 番禺站
佛莞城际：番禺站 → 东莞西站
莞惠城际：东莞西站 → 惠州小金口站
佛肇城际：佛山西站 → 肇庆站
总计：39座车站，覆盖大湾区主要城市群。
四、线路功能与意义
公交化运营：支持“随到随走”，无需提前购票（支持12306购票、交通一卡通、广州APP扫码等）。
经济带动：串联前海自贸区、宝安中心、东莞滨海新城等经济引擎，推动万亿级产业集群。
深港联通：前皇段直达皇岗口岸，促进深港融合。
穗莞深城际铁路站点总览表
| 线路段落 | 站点设置 | 长度/设计时速 | 情形/预计开通 |
| 已开通段 | 新塘、中堂、望牛墩、东莞西、洪梅、东莞港、厚街、虎门北、虎门东、长安西、长安、沙井西、福海西、深圳机场北、深圳机场 | 116.62公里/200km/h | 已运营 |
| 机前段（深圳延伸段） | 西乡、宝安、前海 | 15.2公里/160km/h | 2026年 |
| 前皇段（深圳延伸段） | 超级总部、皇岗口岸 | 21.158公里/160km/h | 2026年后 |
